Statsforvaltarens oppdrag er å vurdere om oppdrettsanlegget kan komme i konflikt med regionale og nasjonale interesser. Konfliktar knytt til friluftsliv, naturvern, vilt og fiskeinteresser står sentralt i Statsforvaltarens vurdering. Eit vilkår for å få løyve til å drive fiskeoppdrett, er at det også blir gitt utsleppsløyve etter forureiningslova. Det er Statsforvaltaren som gir slike utsleppsløyve. Det blir også stilt krav til avfallshandtering og kjemikaliebruk.
Fylkeskommunen har tildelingsmyndigheten og koordineringsansvaret for søknader om akvakulturløyve. Fylkeskommunen tek den endelege avgjerda, og gir løyve til å drive fiskeoppdrett.